结核性肛瘘临床表现缺乏特异性，其起病较缓慢，局部疼痛不剧烈，多误诊为非特异性感染性肛瘘。

近年随着肺结核发病率上升，结核性肛瘘发病亦有所增加，需引起足够重视。结核性肛瘘在结核病传统分类上属皮肤结核腔口型，多认为系身体内部或组织有结核病灶，或食入带菌饮食或肺结核带菌痰液，使结核杆菌经自然腔道带至腔口四周皮肤，形成感染灶所致。很多文献报道，绝大多数结核性肛瘘继发于肺结核。

临床上肛瘘外口不规整、开口大、梭形、距肛缘较远，边缘凹陷卷曲，或有皮下潜行，组织缺损，脓液稀薄或米泔样及有干样分泌物，肉芽组织苍白，瘘管走向跨度大，内外瘘口不符合Goodsall规则，肛瘘久治不愈，均应高度怀疑结核性肛瘘。